Какое программное обеспечение устанавливается на VDS по умолчанию?

Это зависит от выбранного Вами дискового шаблона. При установке шаблона с панелью ISPSystem, устанавливается всё необходимое ПО: web-сервер, ftp-сервер и MySQL-сервер. Есть дисковые шаблоны и без предустановленного ПО.