Для подключения к серверу воспользуйтесь программой "Putty", введя IP-адрес своего виртуального сервера, логин root и пароль от него (вы можете создать и другие учетные записи на своем сервере). Административный пароль содержится в письме, которые вы получили при создании хостинга VDS.